Index des fonctions
%
%in%
(base)
.
.N
(data.table)
A
A2Rplot
(JLutils)
- Classification ascendante hiérarchique (CAH)
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
aaply
(plyr)
abline
(graphics)
add.NA
(base)
add_global_p
(gtsummary)
add_overall
(gtsummary)
add_p
(gtsummary)
addNA
(base)
addNAstr
(questionr)
adply
(plyr)
aes
(ggplot2)
- Exemples de graphiques avancés
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Introduction à ggplot2, la grammaire des graphiques
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
after_stat
(ggplot2)
aggregate
(stats)
agnes
(cluster)
AIC
(stats)
AIC.svyglm
(survey)
airlines
(nycflights13)
airports
(nycflights13)
allEffects
(effects)
- Effets d’interaction dans un modèle
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
alply
(plyr)
anova
(geepack)
anova
(stats)
Anova
(car)
anti_join
(dplyr)
aov
(stats)
append
(base)
apply
(base)
arrange
(dplyr)
array
(base)
as.character
(base)
as.clustrange
(WeightedCluster)
- Classification ascendante hiérarchique (CAH)
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
as.data.frame
(base)
as.data.frame
(tibble)
as.data.table
(data.table)
as.hclust
(cluster)
as.integer
(base)
as.matrix
(base)
as.numeric
(base)
as.seqtree
(WeightedCluster)
as_factor
(haven)
as_tibble
(tibble)
B
barchart
(lattice)
barplot
(graphics)
base
(base)
beep
(beepr)
best.cutree
(JLutils)
bind_cols
(dplyr)
bind_rows
(dplyr)
biplot
(ade4)
boxplot
(ade4)
boxplot
(graphics)
break
(base)
brewer.pal
(RColorBrewer)
bwplot
(lattice)
by
(base)
C
c
(base)
CA
(FactoMineR)
case_when
(dplyr)
cbind
(base)
chisq.residuals
(questionr)
chisq.test
(stats)
class
(base)
- Facteurs et vecteurs labellisés
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
- Vecteurs, indexation et assignation
clm
(ordinal)
clmm
(ordinal)
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
cm.colors
(grDevices)
cmdscale
(stats)
coef
(stats)
coef
(survey)
collect
(dplyr)
colorblind_pal
(ggthemes)
colors
(grDevices)
column_to_rownames
(tibble)
comma
(scales)
complete
(tidyr)
complete.cases
(stats)
confint
(stats)
confint
(survey)
confint
(svrepmisc)
contains
(dplyr)
contour
(graphics)
contr.SAS
(stats)
contr.treatment
(stats)
contrasts
(stat)
contrasts
(stats)
coord_capped_cart
(lemon)
coord_capped_flip
(lemon)
coord_flip
(ggplot2)
copy_labels_from
(labelled)
cor
(stats)
corresp
(MASS)
count
(dplyr)
cox.zph
(survival)
cprop
(questionr)
cramer.v
(questionr)
create_report
(DataExplorer)
cut
(base)
cutree
(stats)
D
daisy
(cluster)
daply
(plyr)
data
(utils)
data.frame
(base)
datatable
(DT)
dbConnect
(DBI)
dbDisconnect
(DBI)
dbGetQuery
(DBI)
dbListFields
(DBI)
dbListTables
(DBI)
dbReadTable
(DBI)
dcast
(data.table)
ddply
(plyr)
density
(stats)
densityplot
(lattice)
describe
(questionr)
- Facteurs et vecteurs labellisés
- Import de données
- Listes et Tableaux de données
- Premier travail avec des données
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
- Visualiser ses données
dev.off
(grDevices)
dev.print
(grDevices)
dim
(base)
dimdesc
(FactoMineR)
display.brewer.all
(RColorBrewer)
disscenter
(TraMineR)
dist
(stats)
dist.dudi
(ade4)
distinct
(dplyr)
diverging_bar_chart
(ggcharts)
diverging_lollipop_chart
(ggcharts)
dlply
(plyr)
do.call
(base)
dotchart
(graphics)
dotplot
(lattice)
dput
(base)
drop1
(stats)
dudi.acm
(ade4)
dudi.coa
(ade4)
dudi.mix
(ade4)
dudi.pca
(ade4)
Duration
(lubridate)
E
effect
(effects)
else
(base)
ends_width
(dplyr)
example
(utils)
exp
(base)
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
expression
(base)
extract
(tidyr)
F
facet_grid
(ggplot2)
- Analyse de séquences
- Exemples de graphiques avancés
- Formules
- Introduction à ggplot2, la grammaire des graphiques
- lattice : graphiques et formules
facet_rep_grid
(lemon)
facet_rep_wrap
(lemon)
facet_wrap
(ggplot2)
factor
(base)
FAMD
(FactoMineR)
fct_collapse
(forcats)
fct_explicit_na
(forcats)
- Exemples de graphiques avancés
- Recodage de variables
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
fct_inorder
(forcats)
fct_lump
(forcats)
fct_other
(forcats)
fct_recode
(forcats)
fct_relevel
(forcats)
fct_reorder
(forcats)
few_pal
(ggthemes)
filled.contour
(graphics)
filter
(dplyr)
finalfit
(finalfit)
first
(data.table)
fisher.test
(stats)
fixed
(stringr)
flights
(nycflights13)
for
(base)
forest_model
(forestmodel)
format
(base)
formula
(stats)
freq
(questionr)
- Données pondérées
- Import de données
- R Markdown : les rapports automatisés
- Recodage de variables
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Statistique univariée
ft_pal
(hrbrthemes)
full_join
(dplyr)
G
gather
(tidyr)
geom_alluvium
(ggalluvial)
geom_area
(ggplot2)
geom_bar
(ggplot2)
- Exemples de graphiques avancés
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
geom_bin2d
(ggplot2)
geom_boxplot
(ggplot2)
geom_braket
(ggpubr)
geom_count
(ggplot2)
geom_density
(ggplot2)
geom_density_2d
(ggplot2)
geom_density_ridges_gradient
(ggridges)
geom_dumbbell
(ggalt)
geom_hex
(ggplot2)
geom_histogram
(ggplot2)
geom_label_repel
(ggrepel)
geom_line
(ggplot2)
geom_lollipop
(ggalt)
geom_mosaic
(ggmosaic)
geom_pirate
(ggpirate)
geom_point
(ggplot2)
geom_raster
(ggplot2)
geom_rug
(ggplot2)
geom_smooth
(ggplot2)
- Données pondérées
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Introduction à ggplot2, la grammaire des graphiques
geom_stratum
(ggalluvial)
geom_text
(ggplot2)
geom_text_repel
(ggrepel)
geom_violin
(ggplot2)
geom_vline
(ggplot2)
geom_waffle
(waffle)
get_legend
(cowplot)
getValues
(raster)
getwd
(base)
ggbivariate
(GGally)
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
ggcoef
(GGally)
ggcoef_compare
(GGally)
ggcoef_model
(GGally)
- Analyse de survie
- Effets d’interaction dans un modèle
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
ggcoef_multinom
(GGally)
ggcorr
(GGally)
ggcoxzph
(survminer)
ggdendrogram
(ggdendro)
ggduo
(GGally)
ggeffect
(ggeffect)
ggeffect
(ggeffects)
ggforest
(survminer)
gghiglight
(gghiglight)
ggpairs
(GGally)
ggplot
(ggplot2)
- Données pondérées
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Introduction à ggplot2, la grammaire des graphiques
ggplotly
(plotly)
ggpredict
(ggeffects)
ggsave
(ggplot2)
- Export de graphiques
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Introduction à ggplot2, la grammaire des graphiques
ggsurv
(GGally)
ggsurvey
(questionr)
ggsurvplot
(survminer)
ggtable
(GGally)
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
ggtitle
(ggplot2)
glimpse
(dplyr)
glimpse
(tibble)
glm
(stats)
glmulti
(ggmulti)
grid_arrange_shared_legend
(lemeon)
group_by
(dplyr)
grViz
(DiagrammeR)
guides
(ggplot2)
H
haven_labelled
(haven)
haven_labelled
(labelled)
hazard.msm
(msm)
hclust
(fastcluster)
hclust
(stats)
HCPC
(FactoMineR)
hdv2003
(questionr)
head
(utils)
heat.colors
(grDevices)
help
(utils)
help.search
(utils)
help.start
(utils)
hist
(graphics)
histogram
(lattice)
I
icut
(questionr)
if
(base)
if_else
(dplyr)
ifelse
(base)
image
(graphics)
inertia.dudi
(ade4)
inner_join
(dplyr)
install.packages
(utils)
install_github
(devtools)
- Analyse de séquences
- Analyse des correspondances multiples (ACM)
- Classification ascendante hiérarchique (CAH)
- Extensions (installation, mise à jour)
- Intervalles de confiance
interaction
(base)
Interval
(lubridate)
invisible
(base)
iorder
(questionr)
ipsum_pal
(hrbrthemes)
irec
(questionr)
is.na
(base)
is.numeric
(base)
J
jpeg
(grDevices)
K
kable
(knitr)
kde2d
(MASS)
L
label_wrap
(scales)
labelled
(labelled)
labs
(ggplot2)
lag
(dplyr)
lapply
(base)
last
(data.table)
lcmm
(lcmm)
lead
(dplyr)
left_join
(dplyr)
length
(base)
letters
(base)
LETTERS
(base)
levels
(base)
library
(base)
list
(base)
llpply
(plyr)
lm
(stats)
load
(base)
log
(base)
look_for
(labelled)
lookfor
(questionr)
lprop
(questionr)
ltabs
(questionr)
M
makeCodebook
(dataMaid)
maply
(plyr)
mapply
(base)
matches
(dplyr)
max
(base)
- Manipulations avancées avec data.table
- Premier contact
- Premier travail avec des données
- Statistique univariée
mca
(MASS)
MCA
(FactoMineR)
mcmcsamp
(lme4)
mdply
(plyr)
mean
(base)
- Données pondérées
- Manipulations avancées avec data.table
- Où trouver de l’aide ?
- Premier contact
- Premier travail avec des données
- Sous-ensembles
- Statistique univariée
median
(stats)
- Formules
- Manipulations avancées avec data.table
- Premier travail avec des données
- Statistique univariée
melt
(data.table)
merge
(base)
merge
(data.table)
mermaid
(DiagrammeR)
min
(base)
- Manipulations avancées avec data.table
- Premier contact
- Premier travail avec des données
- Statistique univariée
mlply
(plyr)
month.abb
(base)
month.name
(base)
mosaic
(vcd)
mosaicplot
(graphics)
msm
(msm)
multinom
(nnet)
multiplot
(JLutils)
mutate
(dplyr)
N
NA
(base)
na_range
(labelled)
na_values
(labelled)
names
(base)
- Listes et Tableaux de données
- Premier travail avec des données
- Recodage de variables
- Vecteurs, indexation et assignation
- Visualiser ses données
ncol
(base)
nesting
(tidyr)
next
(base)
nolabel_to_na
(labelled)
nrow
(base)
nth
(dplyr)
NULL
(base)
number
(scales)
O
odds.ratio
(questionr)
- Comparaisons (moyennes et proportions)
- Les contrastes (variables catégorielles et modèles)
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
oneway.test
(stats)
or_plot
(final_fit)
or_plot
(finalfilt)
order
(base)
order
(data.table)
ordgee
(geepack)
ordinal
(scales)
ordLORgee
(multgee)
P
paged_table
(rmarkdown)
pairs
(graphics)
panel.xyplot
(lattice)
par
(graphics)
paste
(base)
paste0
(base)
PCA
(FactoMineR)
pdf
(grDevices)
percent
(scales)
- Exemples de graphiques avancés
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Mettre en forme des nombres
Period
(lubridate)
pi
(base)
pie
(graphics)
pirateplot
(yarr)
pivot_longer
(tidyr)
pivot_wider
(tidyr)
plot
(effects)
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
plot
(FactoMineR)
plot
(graphics)
- Introduction à ggplot2, la grammaire des graphiques
- Premier travail avec des données
- Statistique bivariée
- Statistique univariée
plot
(stats)
- Analyse de séquences
- Classification ascendante hiérarchique (CAH)
- Statistique univariée
- Statistique univariée
plot.prevalence.msm
(msm)
plot_grid
(cowplot)
plotellipses
(FactoMineR)
plotmath
(grDevices)
png
(grDevices)
poly
(stats)
position_fill
(ggplot2)
position_stack
(ggplot2)
postprob
(lcmm)
postscript
(grDevices)
predict
(stats)
predict
(survey)
prevalence.msm
(msm)
princomp
(stats)
print
(questionr)
progress_bar
(progress)
prop
(questionr)
prop.ci
(JLutils)
prop.ci.lower
(JLutils)
prop.ci.upper
(JLutils)
prop.table
(base)
prop.test
(stats)
ptol_pal
(ggthemes)
pvalue
(scales)
pyramid_chart
(ggcharts)
Q
qnorm
(stats)
qplot
(ggplot2)
quant.cut
(questionr)
quantile
(stats)
R
rainbow
(grDevices)
range
(base)
range
(stats)
rank
(base)
raster
(raster)
rbind
(base)
rbind.fill
(plyr)
read.csv
(utils)
read.csv2
(utils)
read.dbf
(foreign)
read.delim
(utils)
read.delim2
(utils)
read.dta
(foreign)
read.spss
(foreign)
read.table
(utils)
read.xlsx
(openxlsx)
read.xlsx
(xlsx)
read.xlsx2
(xlsx)
read.xport
(foreign)
read_csv
(readr)
read_csv2
(readr)
read_delim
(readr)
read_dta
(haven)
read_excel
(readxl)
read_feather
(feather)
read_sas
(haven)
read_spss
(haven)
read_stata
(haven)
read_tsv
(readr)
readAsciiGrid
(maptools)
readShapeLines
(maptools)
readShapePoints
(maptools)
readShapePoly
(maptools)
readShapeSpatial
(maptools)
recode
(dplyr)
recode.haven_labelled
(labelled)
recode_factor
(dplyr)
rect.hclust
(stats)
regex
(stringr)
registerDoMC
(doMC)
relevel
(stats)
relocate
(dplyr)
relrisk
(mosaic)
remove.packages
(utils)
remove_labels
(labelled)
rename
(dplyr)
rename.variable
(questionr)
rep
(base)
repeat
(base)
require
(base)
rgb
(grDevices)
right_join
(dplyr)
row.names
(base)
rownames_to_column
(tibble)
rownames_to_columns
(tibble)
rprop
(questionr)
rug
(graphics)
runif
(stats)
S
s.arrow
(ade4)
s.chull
(ade4)
s.class
(ade4)
s.corcicle
(ade4)
s.freq
(JLutils)
s.hist
(ade4)
s.label
(ade4)
s.value
(ade4)
sample_frac
(dplyr)
sample_n
(dplyr)
sankeyNetwork
(networkD3)
sapply
(base)
save
(base)
save.image
(base)
scale_color_paletteer_c
(paletteer)
scale_color_paletteer_d
(paletteer)
scale_colour_brewer
(ggplot2)
scale_colour_viridis_c
(ggplot2)
scale_colour_viridis_d
(ggplot2)
scale_coulour_gradientn
(ggplot2)
scale_fill_brewer
(ggplot2)
scale_fill_bright
(khroma)
scale_fill_gradientn
(ggplot2)
scale_fill_manual
(ggplot2)
scale_fill_viridis_c
(ggplot2)
scale_fill_viridis_d
(ggplot2)
scale_x_continuous
(ggplot2)
scale_y_continuous
(ggplot2)
scatter
(ade4)
score
(ade4)
screeplot
(ade4)
sd
(stats)
select
(dplyr)
select_helpers
(tidyselect)
semi_join
(dplyr)
separate
(tidyr)
seq
(base)
seq_heatmap
(JLutils)
seqcost
(TraMineR)
seqdef
(TraMineR)
seqdist
(TraMineR)
seqdplot
(TraMineR)
seqfplot
(TraMineR)
seqHtplot
(TraMineR)
seqIplot
(TraMineR)
seqlength
(TraMineR)
seqmsplot
(TraMineR)
seqmtplot
(TraMineR)
seqplot
(TraMineR)
seqrep
(TraMineR)
seqrplot
(TraMineR)
seqsubm
(TraMineR)
seqtreedisplay
(TraMineR)
setDF
(data.table)
setDT
(data.table)
- Analyse de survie
- Manipulations avancées avec data.table
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
setorder
(data.table)
setwd
(base)
shapiro.test
(stats)
skim
(skimr)
slice
(dplyr)
smean.sd
(Hmisc)
smoothScatter
(graphics)
sort
(base)
sort_val_labels
(labelled)
source
(base)
SpatialGridDataFrame
(sp)
spread
(tidyr)
starts_with
(dplyr)
stat_count
(ggplot2)
stat_density_2d
(ggplot2)
stat_ecdf
(ggplot2)
stat_prop
(GGally)
- Exemples de graphiques avancés
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
statetable.msm
(msm)
step
(stats)
stepAIC
(MASS)
str
(utils)
- Formules
- Listes et Tableaux de données
- Premier travail avec des données
- Statistique univariée
- Visualiser ses données
str_c
(stringr)
str_count
(stringr)
str_detect
(stringr)
str_extract
(stringr)
str_extract_all
(stringr)
str_glue_data
(stringr)
str_replace
(stringr)
str_replace_all
(stringr)
str_split
(stringr)
str_sub
(stringr)
str_subset
(stringr)
str_to_lower
(stringr)
str_to_title
(stringr)
str_to_upper
(stringr)
subset
(base)
subset
(data.table)
subset
(survey)
substitute
(base)
sum
(base)
summarise
(dplyr)
summarize
(Hmisc)
summary
(ade4)
summary
(base)
- Conditions et comparaisons
- lattice : graphiques et formules
- Listes et Tableaux de données
- Premier travail avec des données
- Recodage de variables
- Statistique univariée
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
- Visualiser ses données
summary
(stats)
summary_factorlist
(finalfit)
Surv
(survival)
survdiff
(survival)
survfit
(survival)
svg
(grDevices)
svyboxplot
(survey)
svyby
(survey)
svychisq
(survey)
svyciprop
(survey)
svyclm
(svrepmisc)
svycoxph
(survey)
svydesign
(survey)
svyglm
(survey)
svyhist
(survey)
svykm
(survey)
svymean
(survey)
svymultinom
(svrepmisc)
svyolr
(survey)
svyplot
(survey)
svyquantile
(survey)
svyranktest
(survey)
svyratio
(survey)
svytable
(survey)
svytotal
(survey)
svyttest
(survey)
svyvar
(survey)
switch
(base)
T
t.test
(stats)
table
(base)
- Comparaisons (moyennes et proportions)
- Conditions et comparaisons
- Données pondérées
- Facteurs et vecteurs labellisés
- Formules
- Intervalles de confiance
- Premier travail avec des données
- R Markdown : les rapports automatisés
- Recodage de variables
- Statistique bivariée
- Statistique univariée
tagged_na
(haven)
tail
(utils)
tally
(dplyr)
tapply
(base)
- Comparaisons (moyennes et proportions)
- Données pondérées
- Sous-ensembles
- Statistique bivariée
- Vectorisation
tbl
(dplyr)
tbl_cross
(gtsummary)
tbl_df
(dplyr)
tbl_merge
(gtsummary)
tbl_regression
(gtsummary)
- Les contrastes (variables catégorielles et modèles)
- R Markdown : les rapports automatisés
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
tbl_summary
(gtsummary)
- Comparaisons (moyennes et proportions)
- Données pondérées
- R Markdown : les rapports automatisés
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Statistique bivariée
- Statistique univariée
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
tbl_svysummary
(gtsummary)
terrain.colors
(grDevices)
theme
(ggplot2)
theme_minimal
(ggplot2)
theme_tufte
(ggthemes)
tibble
(tibble)
tidi_plus_plus
(broom.helpers)
tidy
(broom)
- Analyse de survie
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
tidy
(svrepmisc)
tidy.hazard.msm
(JLutils)
tidy_plus_plus
(broom.helpers)
tiff
(grDevices)
time_length
(lubridate)
to_character
(labelled)
to_factor
(labelled)
- Analyse de survie
- Graphiques univariés et bivariés avec ggplot2
- Recodage de variables
- Régression logistique binaire, multinomiale et ordinale
- Trajectoires de soins : un exemple de données longitudinales
ToothGrowth
(datasets)
topo.colors
(grDevices)
trunc
(base)
txtProgressBar
(utils)
typeof
(base)
U
unclass
(base)
ungroup
(dplyr)
unit
(scales)
unite
(tidyr)
unlabelled
(labelled)
unlist
(base)
unname
(base)
update.packages
(utils)
user_na_to_na
(labelled)
V
val_label
(labelled)
val_labels
(labelled)
val_labels_to_na
(labelled)
vapply
(base)
var
(base)
var
(stats)
var.test
(stats)
var_label
(labelled)
Vectorize
(base)
vglm
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