Couleurs et Palettes
Une version actualisée de ce chapitre est disponible sur guide-R : Couleurs & Palettes
Ce chapitre est évoqué dans le webin-R #08 (ggplot2 et la grammaires des graphiques) sur YouTube.
Ce chapitre est évoqué dans le webin-R #13 (exemples de graphiques avancés) sur YouTube.
Noms de couleur
Lorsque l’on doit indiquer à R une couleur, notamment dans les fonctions graphiques, on peut mentionner certaines couleurs en toutes lettres (en anglais) comme "red" ou "blue". La liste des couleurs reconnues par R est disponible sur http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf.
Couleurs RVB
En informatique, les couleurs sont usuellement codées en Rouge/Vert/Bleu (voir https://fr.wikipedia.org/wiki/Rouge_vert_bleu) et représentées par un code hexadécimal à 6 caractères, précédés du symbole #. Ce code est reconnu par R et on pourra par exemple indiquer "#FF0000" pour la couleur rouge. Le code hexadécimal des différentes couleurs peut s’obtenir aisément sur internet, de nombreux sites étant consacrés aux palettes de couleurs.
Parfois, au lieu du code hexadécimal, les couleurs RVB sont indiquées avec trois chiffres entiers compris entre 0 et 255. La conversion en hexadécimal se fait avec la fonction rgb.
rgb(255, 0, 0, maxColorValue = 255)[1] "#FF0000"Palettes de couleurs
Palettes natives
R fournit nativement quelques palettes de couleurs continues telles que rainbow, heat.colors, terrain.colors, topo.colors ou encore cm.colors.
Voici un aperçu de ces palettes de couleurs :
Color Brewer
Le projet Color Brewer a développé des palettes cartographiques, à la fois séquentielles, divergentes et catégorielles, présentées en détail sur http://colorbrewer2.org/. Pour chaque type de palette, et en fonction du nombre de classes, est indiqué sur ce site si la palette est adaptée aux personnes souffrant de daltonisme, si elle est rendra correctement sur écran, en cas d’impression couleur et en cas d’impression en noir et blanc.
Voici un aperçu des différentes palettes disponibles :
L’extension RColorBrewer permets d’accéder à ces palettes sous R.
Si on utilise ggplot2, les palettes Color Brewer sont directement disponibles via les fonctions scale_fill_brewer et scale_colour_brewer.
ATTENTION : les palettes Color Brewer sont seulement implémentées pour des variables catégorielles. Il est cependant possible de les utiliser avec des variables continues en les combinants avec scale_fill_gradientn ou scale_coulour_gradientn (en remplaçant "Set1" par le nom de la palette désirée) :
scale_fill_gradientn(values = RColorBrewer::brewer.pal(6, "Set1"))Viridis
Les palettes de couleurs de la famille Viridis ont initialement été créées pour Matplolib de telles manières que :
- les couleurs sont perçues de manière uniformes, même lorsqu’elles sont imprimées en noir et blanc ;
- les couleurs sont distinguées par les formes les plus courantes de daltonisme.
Voici un aperçu des différentes palettes de cette famille :
Ces palettes sont accessibles de manière générale via l’extension viridis.
Elles sont également implémentées dans gpplot2 via les fonctions scale_fill_viridis_c et scale_colour_viridis_c pour des variables continues et scale_fill_viridis_d et scale_colour_viridis_d pour des variables discrètes.
ggsci
L’extension ggsci fournie plusieurs palettes de couleurs inspirées de journaux scientifiques (comme le Lancet ou le New England Journal of Medicine) mais aussi de séries/films (comme les Simpsons ou Star Trek).
On y trouve également des palettes continues basées sur Material Design de Google.
Toutes ces palettes sont directement utilisables avec ggplot2.
Plus d’informations sur https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html.
hrbrthemes
L’extension hrbrthemes propose deux palettes discrètes : ipsum_pal et ft_pal ainsi que les fonctions correspondantes pour ggplot2.
library(hrbrthemes)
scales::show_col(ipsum_pal()(9))
scales::show_col(ft_pal()(9))
ggthemes
L’extension ggthemes fournit plusieurs palettes de couleurs, en particulier few_pal issue de l’ouvrage Show Me the Numbers (2012) de Stephen Few ; colorblind_pal adaptées aux personnes daltoniennes ; ptol_pal inspirée de l’ouvrage Colour Schemes (2012) de Paul Tol ; et diverses autres (voir https://jrnold.github.io/ggthemes/).
library(ggthemes)
scales::show_col(few_pal()(8))
scales::show_col(few_pal("Dark")(8))
scales::show_col(colorblind_pal()(8))
scales::show_col(ptol_pal()(12))
khroma
L’extension khroma implémente elle aussi les palettes de couleurs proposées par Paul Tol dans Colour Schemes (2012) mais de manière plus complète que ggthemes.
library(khroma)
plot_scheme(colour("bright")(7), colours = TRUE)
library(ggplot2)
p <- ggplot(mpg) +
aes(x = displ, y = hwy, colour = class) +
geom_point()
p + scale_colour_bright()
plot_scheme(colour("vibrant")(7), colours = TRUE)
p + scale_colour_vibrant()
plot_scheme(colour("muted")(9), colours = TRUE)
p + scale_colour_muted()
Pour plus de détails, voir https://khroma.archaeo.science/articles/tol.html
paletteer
L’extension paletteer vise à proposer une interface unifiée pour l’utilisation de palettes de couleurs fournies par d’autres extensions.
scale_color_paletteer_d et scale_color_paletteer_c permettent de sélectionner une des palettes disponibles avec un usage avec ggplot2. Il existe bien entendu leur équivalent pour l’esthétique fill.
library(paletteer)
ggplot(iris) +
aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color = Species) +
geom_point() +
scale_color_paletteer_d("nord::aurora")
Voici une liste de palettes disponibles via paletteer :
| Package and Palette Name | Color Count and Palette | |
|---|---|---|
| awtools | ||
| a_palette | 8 | |
| ppalette | 8 | |
| bpalette | 16 | |
| gpalette | 4 | |
| mpalette | 9 | |
| spalette | 6 | |
| dichromat | ||
| BrowntoBlue_10 | 10 | |
| BrowntoBlue_12 | 12 | |
| BluetoDarkOrange_12 | 12 | |
| BluetoDarkOrange_18 | 18 | |
| DarkRedtoBlue_12 | 12 | |
| DarkRedtoBlue_18 | 18 | |
| BluetoGreen_14 | 14 | |
| BluetoGray_8 | 8 | |
| BluetoOrangeRed_14 | 14 | |
| BluetoOrange_10 | 10 | |
| BluetoOrange_12 | 12 | |
| BluetoOrange_8 | 8 | |
| LightBluetoDarkBlue_10 | 10 | |
| LightBluetoDarkBlue_7 | 7 | |
| Categorical_12 | 12 | |
| GreentoMagenta_16 | 16 | |
| SteppedSequential_5 | 25 | |
| dutchmasters | ||
| milkmaid | 13 | |
| pearl_earring | 11 | |
| view_of_Delft | 12 | |
| little_street | 11 | |
| anatomy | 7 | |
| staalmeesters | 7 | |
| ggsci | ||
| nrc_npg | 10 | |
| default_aaas | 10 | |
| default_nejm | 8 | |
| lanonc_lancet | 9 | |
| default_jama | 7 | |
| default_jco | 10 | |
| default_ucscgb | 26 | |
| category10_d3 | 10 | |
| category20_d3 | 20 | |
| category20b_d3 | 20 | |
| category20c_d3 | 20 | |
| default_igv | 51 | |
| alternating_igv | 2 | |
| default_locuszoom | 7 | |
| default_uchicago | 9 | |
| light_uchicago | 9 | |
| dark_uchicago | 9 | |
| hallmarks_dark_cosmic | 10 | |
| hallmarks_light_cosmic | 10 | |
| signature_substitutions_cosmic | 6 | |
| springfield_simpsons | 16 | |
| planetexpress_futurama | 12 | |
| schwifty_rickandmorty | 12 | |
| uniform_startrek | 7 | |
| legacy_tron | 7 | |
| default_gsea | 12 | |
| red_material | 10 | |
| pink_material | 10 | |
| purple_material | 10 | |
| deep_purple_material | 10 | |
| indigo_material | 10 | |
| blue_material | 10 | |
| light_blue_material | 10 | |
| cyan_material | 10 | |
| teal_material | 10 | |
| green_material | 10 | |
| light_green_material | 10 | |
| lime_material | 10 | |
| yellow_material | 10 | |
| amber_material | 10 | |
| orange_material | 10 | |
| deep_orange_material | 10 | |
| brown_material | 10 | |
| grey_material | 10 | |
| blue_grey_material | 10 | |
| ggpomological | ||
| pomological_base | 7 | |
| pomological_palette | 9 | |
| ggthemes | ||
| calc | 12 | |
| manyeys | 19 | |
| gdoc | 10 | |
| fivethirtyeight | 6 | |
| colorblind | 8 | |
| Tableau_10 | 10 | |
| Tableau_20 | 20 | |
| Color_Blind | 10 | |
| Seattle_Grays | 5 | |
| Traffic | 9 | |
| Miller_Stone | 11 | |
| Superfishel_Stone | 10 | |
| Nuriel_Stone | 9 | |
| Jewel_Bright | 9 | |
| Summer | 8 | |
| Winter | 10 | |
| Green_Orange_Teal | 12 | |
| Red_Blue_Brown | 12 | |
| Purple_Pink_Gray | 12 | |
| Hue_Circle | 19 | |
| Classic_10 | 10 | |
| Classic_10_Medium | 10 | |
| Classic_10_Light | 10 | |
| Classic_20 | 20 | |
| Classic_Gray_5 | 5 | |
| Classic_Color_Blind | 10 | |
| Classic_Traffic_Light | 9 | |
| Classic_Purple_Gray_6 | 6 | |
| Classic_Purple_Gray_12 | 12 | |
| Classic_Green_Orange_6 | 6 | |
| Classic_Green_Orange_12 | 12 | |
| Classic_Blue_Red_6 | 6 | |
| Classic_Blue_Red_12 | 12 | |
| Classic_Cyclic | 13 | |
| few_Light | 9 | |
| few_Medium | 9 | |
| few_Dark | 9 | |
| excel_Atlas | 6 | |
| excel_Badge | 6 | |
| excel_Berlin | 6 | |
| excel_Celestial | 6 | |
| excel_Crop | 6 | |
| excel_Depth | 6 | |
| excel_Droplet | 6 | |
| excel_Facet | 6 | |
| excel_Feathered | 6 | |
| excel_Gallery | 6 | |
| excel_Headlines | 6 | |
| excel_Integral | 6 | |
| excel_Ion_Boardroom | 6 | |
| excel_Ion | 6 | |
| excel_Madison | 6 | |
| excel_Main_Event | 6 | |
| excel_Mesh | 6 | |
| excel_Office_Theme | 6 | |
| excel_Organic | 6 | |
| excel_Parallax | 6 | |
| excel_Parcel | 6 | |
| excel_Retrospect | 6 | |
| excel_Savon | 6 | |
| excel_Slice | 6 | |
| excel_Vapor_Trail | 6 | |
| excel_View | 6 | |
| excel_Wisp | 6 | |
| excel_Wood_Type | 6 | |
| excel_Aspect | 6 | |
| excel_Blue_Green | 6 | |
| excel_Blue_II | 6 | |
| excel_Blue_Warm | 6 | |
| excel_Blue | 6 | |
| excel_Grayscale | 6 | |
| excel_Green_Yellow | 6 | |
| excel_Green | 6 | |
| excel_Marquee | 6 | |
| excel_Median | 6 | |
| excel_Office_2007_2010 | 6 | |
| excel_Orange_Red | 6 | |
| excel_Orange | 6 | |
| excel_Paper | 6 | |
| excel_Red_Orange | 6 | |
| excel_Red_Violet | 6 | |
| excel_Red | 6 | |
| excel_Slipstream | 6 | |
| excel_Violet_II | 6 | |
| excel_Violet | 6 | |
| excel_Yellow_Orange | 6 | |
| excel_Yellow | 6 | |
| wsj_rgby | 4 | |
| wsj_red_green | 2 | |
| wsj_black_green | 4 | |
| wsj_dem_rep | 3 | |
| wsj_colors6 | 6 | |
| stata_s2color | 15 | |
| stata_s1rcolor | 15 | |
| stata_s1color | 15 | |
| stata_mono | 15 | |
| stata_economist | 15 | |
| hc_default | 10 | |
| hc_darkunica | 11 | |
| hc_bg | 5 | |
| hc_fg | 12 | |
| ghibli | ||
| MarnieLight1 | 7 | |
| MarnieMedium1 | 7 | |
| MarnieDark1 | 7 | |
| MarnieLight2 | 7 | |
| MarnieMedium2 | 7 | |
| MarnieDark2 | 7 | |
| PonyoLight | 7 | |
| PonyoMedium | 7 | |
| PonyoDark | 7 | |
| LaputaLight | 7 | |
| LaputaMedium | 7 | |
| LaputaDark | 7 | |
| MononokeLight | 7 | |
| MononokeMedium | 7 | |
| MononokeDark | 7 | |
| SpiritedLight | 7 | |
| SpiritedMedium | 7 | |
| SpiritedDark | 7 | |
| YesterdayLight | 7 | |
| YesterdayMedium | 7 | |
| YesterdayDark | 7 | |
| KikiLight | 7 | |
| KikiMedium | 7 | |
| KikiDark | 7 | |
| TotoroLight | 7 | |
| TotoroMedium | 7 | |
| TotoroDark | 7 | |
| grDevices | ||
| blues9 | 9 | |
| jcolors | ||
| default | 5 | |
| pal2 | 5 | |
| pal3 | 5 | |
| pal4 | 6 | |
| pal5 | 6 | |
| pal6 | 8 | |
| pal7 | 8 | |
| pal8 | 12 | |
| pal9 | 6 | |
| pal10 | 10 | |
| pal11 | 12 | |
| pal12 | 13 | |
| rainbow | 9 | |
| LaCroixColoR | ||
| PassionFruit | 6 | |
| Mango | 6 | |
| Pure | 6 | |
| Lime | 6 | |
| Lemon | 6 | |
| Orange | 6 | |
| Berry | 6 | |
| CranRaspberry | 6 | |
| Pamplemousse | 6 | |
| PeachPear | 6 | |
| Coconut | 6 | |
| Apricot | 6 | |
| Tangerine | 7 | |
| KeyLime | 5 | |
| PommeBaya | 5 | |
| CeriseLimon | 6 | |
| PinaFraise | 6 | |
| KiwiSandia | 7 | |
| MelonPomelo | 6 | |
| MurePepino | 6 | |
| paired | 14 | |
| NineteenEightyR | ||
| cobra | 6 | |
| electronic_night | 5 | |
| hotpink | 5 | |
| malibu | 5 | |
| miami1 | 5 | |
| miami2 | 5 | |
| seventies_aint_done_yet | 5 | |
| sonny | 5 | |
| sunset1 | 5 | |
| sunset2 | 5 | |
| sunset3 | 5 | |
| youngturqs | 12 | |
| nord | ||
| polarnight | 4 | |
| snowstorm | 3 | |
| frost | 4 | |
| aurora | 5 | |
| lumina | 5 | |
| mountain_forms | 5 | |
| silver_mine | 5 | |
| lake_superior | 6 | |
| victory_bonds | 5 | |
| halifax_harbor | 6 | |
| moose_pond | 8 | |
| algoma_forest | 7 | |
| rocky_mountain | 6 | |
| red_mountain | 8 | |
| baie_mouton | 7 | |
| afternoon_prarie | 9 | |
| ochRe | ||
| namatjira_qual | 8 | |
| namatjira_div | 8 | |
| mccrea | 11 | |
| parliament | 8 | |
| tasmania | 7 | |
| nolan_ned | 5 | |
| winmar | 7 | |
| olsen_qual | 6 | |
| olsen_seq | 14 | |
| williams_pilbara | 7 | |
| healthy_reef | 9 | |
| emu_woman_paired | 18 | |
| galah | 6 | |
| lorikeet | 6 | |
| dead_reef | 6 | |
| jumping_frog | 5 | |
| palettetown | ||
| bulbasaur | 13 | |
| ivysaur | 13 | |
| venusaur | 14 | |
| charmander | 13 | |
| charmeleon | 12 | |
| charizard | 14 | |
| squirtle | 14 | |
| wartortle | 13 | |
| blastoise | 14 | |
| caterpie | 12 | |
| metapod | 5 | |
| butterfree | 13 | |
| weedle | 11 | |
| kakuna | 8 | |
| beedrill | 14 | |
| pidgey | 12 | |
| pidgeotto | 13 | |
| pidgeot | 14 | |
| rattata | 13 | |
| raticate | 13 | |
| spearow | 15 | |
| fearow | 12 | |
| ekans | 12 | |
| arbok | 10 | |
| pikachu | 10 | |
| raichu | 14 | |
| sandshrew | 10 | |
| sandslash | 13 | |
| nidoranf | 11 | |
| nidorina | 13 | |
| nidoqueen | 13 | |
| nidoranm | 10 | |
| nidorino | 12 | |
| nidoking | 11 | |
| clefairy | 13 | |
| clefable | 12 | |
| vulpix | 13 | |
| ninetales | 7 | |
| jigglypuff | 11 | |
| wigglytuff | 12 | |
| zubat | 11 | |
| golbat | 11 | |
| oddish | 10 | |
| gloom | 14 | |
| vileplume | 13 | |
| paras | 12 | |
| parasect | 11 | |
| venonat | 14 | |
| venomoth | 11 | |
| diglett | 4 | |
| dugtrio | 12 | |
| meowth | 13 | |
| persian | 12 | |
| psyduck | 10 | |
| golduck | 13 | |
| mankey | 14 | |
| primeape | 15 | |
| growlithe | 11 | |
| arcanine | 14 | |
| poliwag | 11 | |
| poliwhirl | 9 | |
| poliwrath | 9 | |
| abra | 8 | |
| kadabra | 14 | |
| alakazam | 12 | |
| machop | 13 | |
| machoke | 13 | |
| machamp | 13 | |
| bellsprout | 13 | |
| weepinbell | 14 | |
| victreebel | 14 | |
| tentacool | 14 | |
| tentacruel | 14 | |
| geodude | 6 | |
| graveler | 6 | |
| golem | 12 | |
| ponyta | 11 | |
| rapidash | 11 | |
| slowpoke | 12 | |
| slowbro | 13 | |
| magnemite | 14 | |
| magneton | 14 | |
| farfetchd | 14 | |
| doduo | 9 | |
| dodrio | 15 | |
| seel | 11 | |
| dewgong | 7 | |
| grimer | 9 | |
| muk | 8 | |
| shellder | 9 | |
| cloyster | 9 | |
| gastly | 8 | |
| haunter | 10 | |
| gengar | 10 | |
| onix | 6 | |
| drowzee | 9 | |
| hypno | 9 | |
| krabby | 10 | |
| kingler | 10 | |
| voltorb | 9 | |
| electrode | 10 | |
| exeggcute | 9 | |
| exeggutor | 14 | |
| cubone | 13 | |
| marowak | 14 | |
| hitmonlee | 12 | |
| hitmonchan | 13 | |
| lickitung | 9 | |
| koffing | 12 | |
| weezing | 13 | |
| rhyhorn | 8 | |
| rhydon | 11 | |
| chansey | 9 | |
| tangela | 9 | |
| kangaskhan | 14 | |
| horsea | 10 | |
| seadra | 10 | |
| goldeen | 11 | |
| seaking | 12 | |
| staryu | 12 | |
| starmie | 12 | |
| mr_mime | 12 | |
| scyther | 12 | |
| jynx | 15 | |
| electabuzz | 10 | |
| magmar | 12 | |
| pinsir | 9 | |
| tauros | 13 | |
| magikarp | 13 | |
| gyarados | 15 | |
| lapras | 15 | |
| ditto | 6 | |
| eevee | 9 | |
| vaporeon | 15 | |
| jolteon | 11 | |
| flareon | 10 | |
| porygon | 11 | |
| omanyte | 12 | |
| omastar | 12 | |
| kabuto | 11 | |
| kabutops | 9 | |
| aerodactyl | 7 | |
| snorlax | 14 | |
| articuno | 12 | |
| zapdos | 10 | |
| moltres | 14 | |
| dratini | 9 | |
| dragonair | 12 | |
| dragonite | 13 | |
| mewtwo | 9 | |
| mew | 6 | |
| chikorita | 11 | |
| bayleef | 14 | |
| meganium | 14 | |
| cyndaquil | 13 | |
| quilava | 14 | |
| typhlosion | 14 | |
| totodile | 11 | |
| croconaw | 13 | |
| feraligatr | 14 | |
| sentret | 12 | |
| furret | 11 | |
| hoothoot | 13 | |
| noctowl | 13 | |
| ledyba | 12 | |
| ledian | 14 | |
| spinarak | 14 | |
| ariados | 14 | |
| crobat | 9 | |
| chinchou | 13 | |
| lanturn | 14 | |
| pichu | 11 | |
| cleffa | 11 | |
| igglybuff | 9 | |
| togepi | 12 | |
| togetic | 11 | |
| natu | 14 | |
| xatu | 15 | |
| mareep | 14 | |
| flaaffy | 13 | |
| ampharos | 12 | |
| bellossom | 13 | |
| marill | 10 | |
| azumarill | 10 | |
| sudowoodo | 11 | |
| politoed | 14 | |
| hoppip | 10 | |
| skiploom | 11 | |
| jumpluff | 13 | |
| aipom | 12 | |
| sunkern | 13 | |
| sunflora | 12 | |
| yanma | 11 | |
| wooper | 9 | |
| quagsire | 9 | |
| espeon | 9 | |
| umbreon | 10 | |
| murkrow | 12 | |
| slowking | 13 | |
| misdreavus | 13 | |
| unown | 5 | |
| wobbuffet | 8 | |
| girafarig | 13 | |
| pineco | 5 | |
| forretress | 10 | |
| dunsparce | 13 | |
| gligar | 12 | |
| steelix | 7 | |
| snubbull | 12 | |
| granbull | 11 | |
| qwilfish | 12 | |
| scizor | 11 | |
| shuckle | 12 | |
| heracross | 11 | |
| sneasel | 14 | |
| teddiursa | 12 | |
| ursaring | 13 | |
| slugma | 9 | |
| magcargo | 12 | |
| swinub | 9 | |
| piloswine | 12 | |
| corsola | 9 | |
| remoraid | 9 | |
| octillery | 12 | |
| delibird | 13 | |
| mantine | 13 | |
| skarmory | 12 | |
| houndour | 11 | |
| houndoom | 12 | |